| 挂靠单位 | 机构名称 | 负责人 | 成立时间 | 备注 |
体育部 | 体育科学研究所 | 殷飞 | 2002 |
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中美文化研究中心 | 国际问题研究所 | 李晓蓉 | 2000 |
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中国思想家研究中心 | 季子与吴文化研究院 | 周群 | 2022 |
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中华文化研究院 | 旭日佛学研究中心 | 赖永海 | 2000 | 原名：佛学与宗教学研究中心，更名时间：2003 |
中华文化研究院 | 中国书法研究院 | 孙晓云 | 2018 |
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中国社会科学研究评价中心 | 人文社会科学综合评价研究院 | 张异宾 | 2017 |
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地理与海洋科学学院 | 东方书画艺术研究中心 | 张捷 | 1987 |
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地理与海洋科学学院 | 南京大学人文地理研究中心 | 金晓斌 | 2012 |
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建筑与城市规划学院 | 城乡治理与政策研究中心 | 罗小龙 | 2015 |
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建筑与城市规划学院 | 中产化研究中心 | 朱喜刚 | 2019 |
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图书馆 | 知识产权信息服务中心 | 黄贤金 | 2019 |
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档案馆 | 拉贝国际和平与冲突化解研究交流中心 | 王俊 | 2006 |
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社会科学处 | 学衡研究院 | 李恭忠 | 2001 | 原名：学衡跨学科研究中心，更名时间：2016；原名：中日文化研究中心，更名时间：2014 |
