| 基地名称 | 负责人 | 批准部门 | 成立时间 |
| 中国新文学研究中心 | 丁帆 | 教育部 | 1999 |
| 中华民国史研究中心 | 朱庆葆 | 教育部 | 2000 |
| 长江三角洲经济社会发展研究中心 | 范从来 | 教育部 | 2001 |
| 马克思主义社会理论研究中心 | 张异宾 | 教育部 | 2005 |
| 数据智能与交叉创新实验室 | 孙建军 | 教育部 | 2021 |
| 俄罗斯研究中心 | 王加兴 | 教育部国别和区域研究中心 | 2017 |
| 犹太和以色列研究所 | 徐新 | 教育部国别和区域研究中心 | 2017 |
| 亚太经济合作组织研究中心 | 石斌 | 教育部国别和区域研究中心 | 2017 |
| 非洲研究所 | 张振克 | 教育部国别和区域研究中心 | 2021 |
| 古典文献研究所 | 赫兆丰 | 教育部全国高校古籍整理研究工作委员会 | 1983 |
| 国家信息资源管理南京研究基地 | 黄奇 | 工业和信息化部 | 2000 |
| 文化和旅游研究基地 | 顾江 | 文化和旅游部 | 2006 |
| 中国语言战略研究中心 | 陈新仁 | 教育部语言文字信息管理司 | 2008 |
| 全国中国特色社会主义政治经济学研究中心 | 洪银兴 | 中宣部 | 2017 |
| 紫砂艺术传承基地 | 康尔 | 教育部中华优秀传统文化传承基地 | 2018 |
| 政策理论研究基地 | 林闽钢 | 民政部 | 2019 |
| 智慧出版与知识服务重点实验室 | 杨海平 | 国家新闻出版署 | 2021 |
| 对外话语创新研究基地 | 何宁 | 中国外文局 | 2022 |
| 铸牢中华民族共同体意识研究基地 | 华涛 | 四部委 | 2023 |
